A matriz curricular do PPGCM é composta por disciplinas obrigatórias, incluindo Introdução à Ética em Pesquisa, Bioética Clínica, Bioestatística Médica, Metodologia Científica, Epidemiologia Clínica, Planejamento Curricular e de Ensino, e várias disciplinas opcionais para abarcar a multidisciplinaridade do Programa e as múltiplas linhas de pesquisa lideradas por seus docentes. O PPGCM concentra-se no desenvolvimento de linhas de pesquisa nas áreas clínica, epidemiológica, básica e translacional no campo da saúde humana, agrupadas nas seguintes subáreas: Clínica Médica; Saúde da Criança e do Adolescente; Gastroenterologia; Hematologia; Pneumologia; Neurologia; Nutrologia; Terapia Intensiva; Pesquisa Clínica; e Medicina Física.